Dưới sự chỉ đạo của Công đoàn Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam và Đảng ủy Tổng công ty, Công đoàn Tổng công ty đã tổ chức đại hội vào tháng 10 năm 2017. Đại hội đã bầu ra Ban Chấp hành gồm 09 đồng chí và Ủy ban kiểm tra gồm 03 đồng chí. Các đơn vị trong Tổng công ty thuộc loại hình: doanh nghiệp cổ phần hoạt động trong các lĩnh vực sản xuất, chế biến, kinh doanh, xuất nhập khẩu các mặt hàng về đường và các sản phẩm sau đường (bánh kẹo, rượu, bia…), ngoài ra còn tham gia các loại hình dịch vụ khác được pháp luật cho phép nhằm tăng giá trị nhằm đạt hiệu quả kinh tế cao và nâng cao đời sống của người lao động trong Tổng công ty.

Công nhân Công ty CP Bánh kẹo Hải Châu thi đua sản xuất chào mừng Đại hội V Công đoàn Nông nghiệp và PTNT Việt Nam và Đại hội XII Công đoàn Việt Nam
Với quan điểm tổ chức công đoàn vững mạnh phải kết hợp hài hòa được cả hoạt động chiều sâu và hoạt động bề nổi. Bên cạnh việc thực hiện chức năng cơ bản nhất của tổ chức công đoàn là chức năng bảo vệ các quyền và lợi ích hợp pháp, chính đáng của công nhân viên chức lao động. Ngay sau đại hội Ban Chấp hành Công đoàn Tổng công ty đã họp và phân công; nhiệm vụ cụ thể cho từng đồng chí Uỷ viên BCH. Ban Chấp hành thống nhất giao cho đồng chí Nguyễn Công Khanh - Uỷ viên BCH Công đoàn Tổng công ty, Chủ tịch Công đoàn cơ sở Công ty Cổ phần bia, rượu nước giải khát Việt Trì chịu trách nhiệm theo dõi công tác chính sách - pháp luật dưới sự chỉ đạo trực tiếp của lãnh đạo Công đoàn, Đảng ủy Tổng công ty. Công đoàn Tổng công ty đã tổ chức triển khai đến các công đoàn cơ sở tuyên truyền và phổ biến các chế độ, các chính sách mới nhất đến với người lao động và đoàn viên công đoàn; Như các Bộ luật Lao động số 10/2012/QH13 ngày 18/06/2012, Luật bảo hiểm xã hội số 58/2014/QH13 ngày 20/11/2014, Luật An toàn vệ sinh lao động số 84/2015/QH13 ngày 25/6 2015, Luật Công đoàn số 12/2012/QH13 ngày 20/6/2012 và các bộ luật khác. Kết quả đã có 06/06 công đoàn cơ sở triển khai đạt 100% với số lượng 1676 người lao động và 1582 đoàn viên công đoàn tham gia. Nhờ làm tốt công tác tuyên truyền phổ biến chính sách pháp luật nên nhiều năm liên tục không có đơn thư khiếu kiện xảy ra. Đặc biệt năm 2017 Công đoàn Tổng công ty mía đường I đã được Tổng Liên đoàn lao động Việt Nam tặng thưởng cờ thi đua toàn diện. Ngoài ra, Công đoàn Tổng công ty còn chỉ đạo các công đoàn cơ sở đẩy mạnh phong trào văn hóa văn nghệ, thể dục thể thao đến với người lao động, đăc biệt là hoạt động giao lưu văn hóa mía đường được tổ chức vào ngày 27-28/4/2018 tại Công ty Cổ phần mía đường Sơn Dương, đây là hoạt động thiết thực chào mừng Đại hội Công đoàn Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam lần thứ 5 và Đại hội Tổng Liên đoàn lao động Việt Nam lần thứ 12 nhiệm kỳ 2018-2023. Hoạt động Công đoàn muốn thực sự đi vào chiều sâu nhằm bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp chính đáng cho người lao động thì đòi hỏi người cán bộ công đoàn cơ sở phải am hiểu đầy đủ các chế độ, chính sách pháp luật và đặc biệt phải có sự chỉ đạo sát sao của các cấp ủy đảng, sự phối hợp chặt chẽ giữa Công đoàn với chính quyền thì mới tạo được động lực cho sự phát triển bền vững của Tổng công ty với mục đích cuối cùng là nâng cao đời sống cho người lao động.