Năm 2016 được đánh giá là năm lao động ngành thủy sản cả nước nói chung, lao động, đoàn viên nghiệp đoàn nghề cá nói riêng gặp nhiều khó khăn, bất lợi do biến động xấu của tình hình thời tiết; nguồn lợi thủy hải sản tự nhiên ngày càng cạn kiệt; giá cả đầu vào của nguyên liệu, nhiên liệu, ngư lưới cụ, dịch vụ hậu cần thủy sản biến động tăng khó lường; nguồn vốn lưu động dành cho các chuyến biển, đầu tư cho mở rộng hoặc nâng cao năng lực khai thác còn rất khó khăn; lực lượng lao động có nghề thường xuyên biến động giảm; số đông chưa tiếp cận được với các chính sách hỗ trợ, đầu tư của nhà nước và các địa phương…dẫn đến sản lượng khai thác không ổn định, chất lượng chưa đạt yêu cầu, giá cả thu mua thường xuyên bị tư thương, đầu nậu ép giá…Ngoài ra, đoàn viên các nghiệp đoàn nghề cá còn thường xuyên phải đối mặt với những nguy cơ về tranh chấp lao động, ngư trường khai thác hoặc bị các lực lượng nước ngoài, cướp biển có vũ trang tấn công, uy hiếp, cướp phá tài sản, ngư lưới cụ…

Mặc dù gặp nhiều khó khăn cả chủ quan và khách quan nhưng trong năm 2016 đã có 05 nghiệp đoàn nghề cá cơ sở được thành lập mới với số đoàn viên phát triển mới là 678, trong đó có Nghiệp đoàn nghề cá xã Tam Quan Bắc (huyện Hoài Nhơn) là nghiệp đoàn nghề cá đầu tiên được thành lập tại tỉnh Bình Định với 141 đoàn viên và 160 tàu cá khai thác thủy hải sản xa bờ.

Phương hướng trong năm 2017 về công tác phát triển đoàn viên, thành lập nghiệp đoàn của Nghiệp đoàn Nghề cá Việt Nam tập trung chủ yếu vào một số điểm sau:

- Chủ động phối hợp với các công đoàn cấp trên trực tiếp chỉ đạo hoạt động các nghiệp đoàn cơ sở tại các địa phương kiện toàn tổ chức, hướng dẫn tổ chức đại hội nhiệm kỳ…

- Chủ động nắm bắt chương trình, kế hoạch phát triển đoàn viên, thành lập nghiệp đoàn nghề cá của LĐLĐ các tỉnh, thành phố trọng điểm về phát triển thủy sản để có kế hoạch tham mưu cho công đoàn các cấp và phối hợp tổ chức hoạt động.

- Phối hợp với các công đoàn cấp trên trực tiếp có nghiệp đoàn nghề cá tại các tỉnh, thành phố xây dựng nội dung, tổ chức tập huấn chuyên đề về kỹ năng tổ chức và hoạt động của nghiệp đoàn cơ sở.

- Nghiên cứu việc tổ chức các đoàn công tác gồm đại diện ban chấp hành, ủy ban kiểm tra các nghiệp đoàn cơ sở tham quan các mô hình tổ chức sản xuất tiêu biểu; mô hình tổ chức hoạt động nghiệp đoàn nghề cá có hiệu quả, bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp, chính đáng của đoàn viên và nâng cao vị thế, vai trò của tổ chức nghiệp đoàn.